复旦大学文史研究院成立于2007年3月10日，是教育部指定的国家哲学社会科学创新基地，作为文学、历史和哲学研究的一个平台，致力于沟通文、史、哲不同学科的交流与融合，推动世界视野中的中国文化研究，并努力推动各种新文献和新资料的整理，建设一个从事中国文史研究的国际性、开放性的学术研究机构。
   文史研究院首任院长为葛兆光教授（2007-2013年），第二任院长为杨志刚教授（2013-2018年），现任院长为章清教授，研究院设有学术委员会和国际评鉴委员会。2013年起，新一届的学术委员会由十一名海内外学者组成，负责制定学术发展方向、拟定研究课题并鉴定、验收研究成果、协助审查研究人员资格；国际评鉴委员会由七名海内外学者组成，对研究院的各种工作给予监督与评鉴，并提出改进意见。院内有院务工作小组，负责协调研究院的内部行政工作，加强与校内各院系的联系，以及开展日常学术活动与学术交流等事务。
   目前，复旦大学文史研究院共有十六名专职研究人员，从事各领域的跨学科研究。此外，文史研究院博士后工作站每年招聘新的博士后研究人员，“亚洲宗教、艺术与历史研究”博士与硕士招生项目每年也招收若干名博士生与硕士生。成立以来，文史研究院坚持明确的研究方向、严肃的学术品格与充分的国际合作，在学术出版、举办学术会议和讲演、人才培养及教学等方面取得了一定的成绩，获得了海内外同行的广泛好评。
   未来，文史研究院还将继续开展以下工作：
   一、“亚洲宗教、艺术与历史”研究方向。文史研究院将继续推动这一大方向之下“从周边看中国”、
“交错的文化史”、“批评地理解国际中国学”、“域外所藏有关中国的图像资料”和“中国宗教、思想与艺术史的综合研究”等五个领域。
   二、“亚洲宗教、艺术与历史研究”博士、硕士招生项目。未来我们将推进这一博士点和硕士点的建设，此外，专职研究人员还将继续在复旦大学各人文院系开设有关课程。
   三、国际学术合作。继2010年文史研究院与东京大学东洋文化研究所、普林斯顿大学东亚系达成三方合作协议之后，三校在合作举办国际会议、暑期研修班、以及进行研究人员与研究生的互访等方面，取得了较好的成效。未来，文史研究院将继续致力于推进与海内外同行机构的联络与合作，包括人员交流、合作教学以及合作举办学术会议，希望通过高质量的国际学术交流，推动所聚焦的研究领域的发展，并与国际学术界保持充分的沟通。
   四、系列出版物。继续推进“域外有关中国的汉文文献集成”、学术著作集“复旦文史丛刊”、论文集“复旦文史专刊”、学术演讲集“复旦文史讲堂”与“研究生学术入门丛书”的出版，并于每年出版四期《复旦大学文史研究院学术通讯》。此外，曾经在《复旦学报》（哲学社会科学版）建设“文史研究新视野”专栏，推出了高质量的学术论文。
   五、“复旦文史讲堂”与“小型学术研究会”。有选择地邀请国内外高水准的人文学者讲演，介绍最新的研究进展及研究动态。此外，将继续举办小型学术研究会，在专业和学术的范围内，讨论学界共同感兴趣的问题。
   六、团队建设与工作室。继续从海内外招聘专职研究人员、访问研究人员与博士后人员，在“交错的文化史”工作室、“图像文化史”、“周边看中国”工作室之后，还将组建其他几个方向的工作室。
   七、资料室与网站。文史研究院资料室除了继续补充必须的图书资料、扩大订阅领域内的海外学术期刊之外，还将重点购置海外中国学论著、域外汉文文献以及有关中国的图像资料。研究院网站也将继续以较高的更新频率发布最新研究动态，并尽可能多地提供学术资料。