明代的中日关系几乎与倭寇问题共始终，尤其到嘉靖朝，倭寇对中国的侵扰达到了顶端，而中国人对日本的专门性研究，也正是肇始于这个时期。这时期的对日研究，先是从对日本国情和军事的分析入手，进而涉及日本民俗、文化、环境、历史等各个方面，经历了从浅显到深入，从片面到全面的过程。通过介绍和分析成书于嘉靖、万历年间的《日本考略》、《日本图纂》、《日本一鉴》、《日本考》等研究日本的专书，试图从明代士人对日本列岛的印象、对倭寇问题的认识以及对日本人的认识的三个层面，解构明代知识分子眼中的日本图像。

明代士人对日本的研究，既对国人以往关注的领域有所继承，同时又开辟了许多新的研究领域。譬如关于日本列岛的基本情况，明代以前的一些正史著作中也屡有涉及，特别是唐代之前正史中关于日本的传，大都侧重于对日本地理环境和风土人情的介绍，其代表是《三国志·魏书·倭人传》。而明代的日本研究在这方面远远超越了前代。比如对日本国家概况的介绍，明代的中国知识分子已经可以通过自己收集到的信息和掌握的知识，来完成日本地图的绘制和地名的标注，这表明中国人对日本的关注和认识发生了质的飞跃。而对日本风土人情的介绍更是明代日本研究成果中突出的一个方面，囊括了上至日本国家制度，下至百姓衣食住行的各个方面。这方面研究成果的成熟，是中国确立对日本的专门性研究的一个重要标志。而对日本语言的介绍除了具备文化上的意义，更为两国人的交流和沟通提供了重要的平台。

对倭寇问题的剖析和认识也是明代对日研究的重要内容，这既是明代对日研究中最具时代特色的方面，也是明代对日研究兴起的缘由。明代从事对日研究的知识分子从倭寇产生的原因开始，对倭寇在日本的分布和构成、入侵路线、中方处理倭寇的对策等方面进行了全面的介绍和分析，对明朝的抗倭工作起到了一定的辅助作用。

明代人对日本人的认识则是一个更为错综复杂的问题，牵涉到个人的主观认识。由于明朝时除了倭寇，中日之间还存在着被明朝认可的、两国政府间的正式交往，以至于中国人心目中的日本人形象在很大程度上出现了分裂。产生于明代的日本人图像很有力地佐证了这一现象。彬彬有礼和穷凶极恶的日本人像交错在国人的脑海中，这从一个侧面反映出当时中国与日本间关系的复杂性和不确定性。

总体而言，随着对日研究的展开和逐步深入，明代知识人的对日认识较之前代出现了大的跨步；而另一方面，由于受当时客观条件限制以及中日之间恶劣关系的影响，他们的对日认识仍存在着许多臆测、猜想以及感情化的东西，但这恰恰为我们了解那个时代人的情感和中日关系的特质提供一个极其重要的途径。